사기꾼 같은 남편(대니 드 비토 분)과 허영 덩어리 아내 사이에서 귀여운 딸이 태어나고, 부부는 딸아이에게 마틸다(마라 윌슨 분)라는 이름을 붙여준다. 말썽 많은 오빠와 달리 마틸다는 영리하고 예쁘게 자라난다. 마틸다는 책 읽는 것을 좋아하고 빨리 학교에 진학하고 싶어하지만 집안 환경이 받쳐주질 않는다. 부모들이 책 대신 TV만 보게 하는 것이다. 어느날 딸을 돌보기가 귀찮아진 이들 부부는 마틸다를 세계 최악의 교장 선생이 있는 이상한 분위기의 학교로 보낸다. 다행스럽게도, 자상한 선생님과 다정한 친구들 덕에 즐거운 학교 생활을 하던 마틸다는 자신에게 재미있는 초능력이 있다는 사실을 발견한다. 마틸다는 부모님과 교장 선생으로부터 스트레스를 받을 때마다 초능력을 이용해 텔레비전을 부수고 교장 선생에게 도마뱀을 날린다. 교장선생이 마틸다가 가장 좋아하는 선생님인 미스 허니로부터 재산과 학교를 빼앗았다는 사실을 알게 된 마틸다는 이제 친구들과 함께 교장선생을 쫓아낼 작전을 세우고...

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