- "초히트 시리즈 기동전사 건담 더블오, 대망의 영화화! 건담 역사상 최대의 스펙터클을 목격하라!"

TV판으로부터 2년 후인 서기 2314년, 정지된 목성 유인 탐사선이 무언가에 의해 지구 추락 루트에 진입한다. 이에 지구연방군의 이노베이터 데카르트 샤먼 대위가 그의 기체인 가데라자로 탐사선을 파괴하지만 잔해는 대기권에 타 없어지지 않고 지구에 추락했다. 한편 지구연방군 소속 과학자 빌리 카타기리와 조사대는 잔해에서 외계 생명체의 존재를 발견하고 그것이 사람들과 동화해 침식한다는 것을 알아내게 된다. 그 생명체의 이름은 ELS(Extraterrestrial Living-metal Shape shifter)로 명명되었고 얼마 지나지 않아 그들은 인류의 적대 세력이라고 규정되었다.

그로부터 며칠 후 목성의 대적점에서 대규모의 중력장이 발생해 목성의 위성들인 소행성들과 이오, 가니메데가 빨려들어간다. 거기에 나타난 ELS의 대군들이 솔레스탈 비잉의 수송함, 프톨레마이오스와 지구연방군에 포착되었고, 이런 전대미문의 위기를 막기 위하여 지구연방군과 솔레스탈 비잉의 건담들은 화성인근에서 그들과 접촉을 시도하게 되는데...